软著与专利的相同点在于软著授权书，一旦成功申请都能获得政府资助，两者都可作为申请国家高新技术企业的条件。
然而，软著与专利在法律依据、保护原则、保护对象、申请通过率、申请提供资料、申请周期、保护期限以及申请和维护费用等方面存在显著差异。
在法律依据方面，软件著作权保护基于《著作权法》与《计算机软件保护条例》，而专利保护遵循《专利法》。
保护原则上，软件著作权的产生在创作完成后自动实现，且为自愿进行登记。相比之下，专利保护需要向专利局提交申请。
在保护对象上，软件著作权主要关注表现形式，不保护思想内容；而专利关注的是设计构思，一旦获得授权，任何模仿设计构思或方案的行为可能构成侵权。
申请通过率方面，软件著作权登记成功率极高，而专利申请则要求技术性强，需满足新颖性、创造性、实用性等多方面条件，因此申请难度较大，成功率较低。
所需提供的资料也不同，软件著作权需提交身份证明、申请表、源代码及手册，而专利则需提交身份证明、委托说明书、技术交底书（外观专利则需提供图片或照片）。
申请周期和保护期限也存在差异，软件著作权申请周期较短，最快可达1天，而专利周期长，发明专利可能需1-2年。保护期限上，软件著作权为自然人生前及其死亡后50年，专利则分为实用新型（10年）、外观设计（10年）和发明专利（20年）。
在申请和维护费用方面，软件著作权仅需一次申请费用，无后续维护费，专利则除了前期申请费，还需每年支付年费，逾期不缴将视为放弃专利权。
综上，软件可以申请为专利或软著，专利的保护价值更高，但申请难度和费用也更大。软著虽相对简单，但保护效果可能不及专利。
