计算机软件著作权登记程序分为三步，具体如下：
首先，软件著作权人需依法向中国版权保护中心提出登记申请计算机软件著作权登记。
其次，版权保护中心收到申请后，进行60日的审查。期间，版权保护中心会根据申请材料，确保登记信息的完整性和准确性。
最后，审查通过后，版权保护中心将予以登记，并向著作权人发放相应的登记证书。此外，登记信息也会公开发布，为著作权人的权益提供法律保障。
总结来说，计算机软件著作权登记流程包括申请、审查和发放证书三个环节。通过这一程序，著作权人能够有效保护自己的权益，预防侵权行为的发生。
在实际操作中，软件著作权人需确保申请材料齐全、准确，以免影响登记进度。完成登记后，著作权人将获得法律认可的证书，以及公开发布的登记信息，为日后维权提供便利。
通过上述流程，计算机软件著作权登记为著作权人提供了有效的法律保障，有助于预防和解决侵权问题，保障著作权人的合法权益。
